PNAS丨白晨团队及合作者通过计算模拟揭示C类GPCR家族中mGlu2激活机制及重要突变位点
2024年5月,晨伫科技白晨团队与合作者在美国科学院院刊PNAS杂志在线发表了题为“Exploring the Activation Mechanism of Metabotropic Glutamate Receptor 2”的研究论文。这项研究不仅为我们深入理解中枢神经系统疾病的潜在治疗靶点mGlu2提供了新的视角,也为开发更有效的治疗方案开辟了新途径。
背景介绍
中枢神经系统疾病,例如精神分裂症和抑郁症等,是全球面临的重大健康问题。而现有的治疗手段不仅选择有限,还伴随着副作用,因此,研发出更有效的药物,探索新的治疗方法显得尤为迫切。
mGlu2作为治疗这些疾病的潜在靶点,其激活机制的深入理解对于开发新疗法至关重要。然而,由于mGlu2的分子激活过程十分复杂,目前对其激活机制的了解尚显不足,这在很大程度上限制了我们对其功能认知和药物设计的进展。
研究测试
在这项工作中,研究团队利用计算生物学模型,对mGlu2的激活过程中的关键事件进行了模拟,包括蛋白的构象变化、激动剂的结合、Gi蛋白的偶联以及GDP的释放。
图 1. mGlu2 不同构象状态。 mGlu2 的 L 和 R 亚基分别以粉色和绿色。 激动剂用space-filling模型表示。 Gi蛋白用三种不同的颜色表示,分别对应Gi蛋白的三个亚基:浅橙色代表α亚基,蓝色代表β亚基,紫色代表γ亚基。
通过分子层面的模拟和能量分析,研究团队揭示了mGlu2从非活性状态到活性状态的转变过程中的几个关键能垒,并确定了整个激活过程的决速步发生在从S2到S3的转变间。
图2. mGlu2激活过程中构象变化自由能景图。(a). mGlu2从S1到S2中蛋白每个亚基构象变化的耦合自由能景图。 最小能量路径由黑色虚线显示。(b). 图a中对应的最小能量路径的自由能曲线。(c). mGlu2从S2到S3状态之间的自由能曲线。(d). G蛋白与受体结合的自由能景图。
为了研究激动剂与mGlu2的结合过程,研究团队构建了195,364个模型,绘制出对应的自由能景图。此外,研究团队发现了在与激动剂结合过程中,mGlu2两个亚基的构象变化是相互耦合的而非独立的过程。研究团队的计算结果与实验观察的一致性,进一步验证了研究方法的可靠性。
图3. (a) 激动剂与mGlu2结合的构象变化自由能景图。其中x和y轴表示mGlu2二聚体的L和R亚基的构象变化,z轴表示R亚基的VFT中的口袋与激动剂之间的距离,L亚基VFT中激动剂与口袋之间的距离是固定值,仅在不同的立方盒之间变化。在路径上采样的mGlu2构象用黑点标出,并在每个立方盒子中按阿拉伯数字顺序编号。红点之间的移动在盒子内/间显示为红色箭头。(b) mGlu2 中激动剂与VFT结合的最佳构象路径从S1到S2过程中能量和构象的变化。
此外,研究团队还对mGlu2二聚体的TM6-TM6界面以及Gi蛋白的α5螺旋上的关键残基进行了突变效应分析,这有助于识别影响mGlu2激活过程的关键残基,并为未来的突变效应研究提供了方向。
图4.对mGlu2和G蛋白结合位置的残基进行突变效应分析
总而言之,这项研究不仅在理论上扩展了我们对C类GPCR激活机制的认识,而且在实际应用上,为mGlu2药物的设计和开发提供了宝贵的信息和启发。随着对mGlu2激活机制的深入了解,我们有理由相信,未来将有更多针对中枢神经系统疾病的创新疗法问世,为患者带来新的希望。
香港中文大学(深圳)、中国科学技术大学、浙江大学、南加州大学、晨伫生物科技是本论文的共同合作单位。
研究论文原文链接:https://doi.org/10.1073/pnas.2401079121